Sincronizzare le cartelle (directory) significa creare o cancellare cartelle nelle posizioni sorgente/destinazione per riflettere le azioni dell'utente in una di queste posizioni. Lo stesso algoritmo viene utilizzato per sincronizzare le cartelle (directory) nella stessa maniera in cui viene utilizzato per la sincronizzazione dei file. File in una cartella sono sincronizzati indipendentemente dalla cartellla

Gli attributi della cartella vengono copiati quando Allway Sync crea una cartella su un altro dispositivo. Tuttavia, a differenza della maggior parte dei programmi di backup, il nostro software di sincronizzazione non copia attributi le cartelle sono già esistenti.