Sincronizar carpetas (directorios) significa crear o borrar carpetas en ubicaciones que participan en la sincronización para que repliquen las acciones del usuario en una de las ubicaciones. El mismo algoritmo es usado para sincronizar carpetas (directorios) que el que se usa para sincronizar archivos. Los archivos de una carpeta se sincronizan independientemente de la propia carpeta.

Los atributos de la carpeta se copian cuando Allway Sync crea una carpeta en otro dispositivo. Sin embargo, a diferencia de muchos programas de respaldo de carpetas, este programa de sincronización no copia atributos si existen tanto la carpeta origen como destino.