Bei der Synchronisation von Ordnern (Verzeichnissen) werden Ordner im Synchronisations-Partner Bereich angelegt oder gelöscht, um die vom Nutzer veränderten Bereiche nachzubilden. Algorithmus Das selbe gilt für die Synchronisation von Dateien. Dateien in einem Ordner werden unabhängig vom Ordner selbst synchronisiert.

Die Ordner Eigenschaften werden kopiert, wenn Allway Sync einen Ordner auf einem anderen Medium erstellt. Entgegen den meisten anderen Datensicherungsprogrammen kopiert diese Synchronisationssoftware die Attribute nicht, wenn die die Quell- und Zielordner schon existieren.